职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。 工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。 与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。
拓展出无限可能性的虚拟现实大型多人在线角色扮演游戏《方舟地球网络版》。玩家建立的国度阿尔凯特王国拥有九位贤者，其中有一位威风凛凛的老年召唤术士名叫邓不利夫，是游戏玩家之一。某一天，他感受到世界发生了异常的变化。不仅产生了游戏中本没有的味觉和嗅觉，更是无法退出游戏。甚至在非玩家角色身上发现了酷似人类的反应。这证明了游戏已经成为了不折不扣的现实。而且这个世界已经走过了足足30年。更不可思议的是，邓不利夫因为种种原因身体变成了幼小而美丽的少女！为了解开面目全非的世界之谜，邓不利夫自称为贤者的弟子米菈踏上了旅途。在冒险的最后等待他的会是什么呢——。
