イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
"你的侦探社是我们国家的骄傲" 距离“亡灵屋老鼠”策划的“同类相食”事件与港口黑手党成功联合行动已过去一个月。 全副武装的侦探社受到了全国的高度赞扬，因为他们对安全性的贡献被授予了最高奖项——阿苏萨驱邪弓勋章。 来自政府的紧急请求。四起谋杀案件涉及年轻的国会议员，指向六道轮回的最高天人即将死亡。 武装侦探社开始阻止最后的谋杀发生。 “我们必须不惜一切代价阻止恶棍的阴谋。” 然而，这原来是狡猾“恶魔”费奥多尔设下的陷阱，他本应该被关在监狱里…! 政府开始怀疑他们所坚持的“正义”。 长着尖牙的“猎狗”是军警最强大的特种部队。 “天使的堕落”横冲直撞，带来毁灭。 如今名誉扫地、备受非议的武警社，面对着一个又一个的新敌人，陷入了无尽的绝望。 随着友谊的破裂，中岛敦能克服这场前所未有的危机吗? 以卵击石的战斗开始了。
故事发生在大正25年。帝都东京。 正当华族出生的久世鸫为守护没落家族决意联姻时，弟弟久世鹟却被卷入被称作“稀有之物”、会对读者产生巨大影响的书所引起的事件之中。 鸫以此为契机，能够看见被称为“灵韵”的、稀有之物所散发出的寄居者的情感，此时，“帝国图书情报资产管理局”（通称“鸱鸺”）的人出现在困惑的鸫面前。他们是保护·管理“稀有之物”的组织，并委托鸫协助调查“稀有之物”。鸫虽然犹豫，却还是决定参与“鸱鸺”，展开对“稀有之物”的调查活动—— 这是一部讲述一位命运如天秤般摇摆不定的少女的故事。
