魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
故事发生在科技飞速发展的未来世界，彼时，人工智能机器人早已经不是罕见之物，正慢慢地融入人类的生活之中。高考落榜之后，十八岁的青年水柿司（内匠靖明 配音）在父母的帮助下来到了SAI社工作，SAI社的主要产品即是名为“Giftia”的人形智能机器人。 水柿司被安排到了终端部门工作，来到办公室后水柿司才发现，这个部门的主要职责竟然是回收即将报废的机器人。在这里，水柿司结识了名为艾拉（雨宫天 配音）的少女，她其实正是一名机器人，艾拉外表冷漠不善言其，却有着意外可爱的一面。就这样，水柿司和艾拉成为了工作中的搭档，两人之间渐渐产生了真挚的友谊。
伪物语是伪物的物语(伪即不真实，不成熟，虚伪的)。历和女友战场原是伪物；历的两个妹妹火怜和月火是伪物；欺诈师贝木等也是伪物。而相对的，羽川是个非常强大的真物。伪物语中的怪异都与历的妹妹扯上了关系，引发了一系列的事件。
