挽回了美滨学园五名少女的心的风见勇二。
可他的心依旧是阴沉沉的，难以摆脱。
当雄二回顾他一路上的日子时，
什么滋养和塑造自己？
在与各种事物的相遇中，得到了什么，失去了什么？
度过了这个极其黑暗却又无可替代的时光后，
雄二终于要面对隐藏在内心深处的真正黑暗面了。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
故事描述了地球突然出现总称为“龙”的怪物，从此世界为之一变，终于人类之中也诞生拥有龙之力，并称之为“D”的异能少女们。某一天，世界唯一的男性“D”物部悠，带著一张调职令，来到聚集了全世界的“D”的学园米德加尔。在那里，他目睹了银发少女伊莉丝·弗蕾亚的裸体，又与三年前分离的妹妹物部深月再会，就此展开了全新的学生生活
