这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚。过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭，但人，神，魔三族共同战斗，作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来。接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半。二千年以后，世界始终和平安宁。 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它。某一天，一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙。世界的均衡渐渐被打破。当巴哈姆特再次发出吼声之时，世界再次落入绝望的深渊。世界啊，毁灭吧！某个声音如此恳求着。
暑假再次来临，然而大雄却愁眉苦脸，提不起兴趣。原来老师放假前布置了一个作业，让同学们自选课题，进行自由研究。眼看小夫、静香甚至胖虎都找到了研究题目，大雄惟有求助好朋友哆啦A梦。 哆啦A梦拿出未来世界的“创世组件”，它就如同养成游戏一般，通过操作者自己动手，模仿宇宙诞生的全过程。凭借哆啦A梦的帮助，大雄着实体验了一把当上帝的感觉。不过创造宇宙也不是什么简单事，经过两个好朋友细心观察和照看，他们的微缩宇宙终于形成，而且创造出与地球类似的星球。在适宜的条件下，生命开始繁衍。最终静香等人也加入进来，和大雄一同经历生命进化的精彩而刺激的过程……
