咖啡馆·黑猫亭。那是在皇都五区的角落里,孤零零的一家咖啡店。在那里工作的是集结了技术精华的自律式机械人偶少女们。几年前刚刚结束的大战争。在那里作为武器制作的她们。不久迎来了战后的和平。和新品一样被修复,穿着闪闪发光的和服寻找新的任务,高声歌唱。你也和她们一起度过美好的时光吧!
真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说,像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 但当由硅所构成的不明生物·异界体(Festum)开始攻击龙宫岛时,他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 为了取回自己的和平生活,他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那(Fafner)和异界体战斗── 在激战的彼端,等待着他的是……