全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
“在演艺圈里，谎言就是武器。 ”在小城市工作的妇产科医生・五郎，有一天他所推的偶像“B小町”出现在了他的面前。“B小町”有着一个禁忌的秘密。如此这般的两人实现了最糟糕的相遇，从此命运的齿轮开始转动——
カントー帰還！待望の新章がスタート！！ イッシュ地方からカントー地方へ戻るサトシたちが、デコロラ諸島で大冒険！ スピアーに追いかけられて、巨大クイタランに追いかけられて… えぇっ！？ミジュマルとお別れ！？ さらに！みんなオーベムになっちゃった！？さらにさらに！幻のポケモンにも遭遇！？ まさか！？アイリスとサトシが絶交！？それをニヤリと見つめるロケット団…！ 笑い！涙！お宝あり！？様々な島を巡る船旅に、いざ出発！！
