恋爱旗标、友情旗标、胜利旗标及死亡旗标──“旗标（flag）”，那是人生歧路上重要的选项。自从某事件後，少年‧旗立飒太能够在他人头上看到“旗标”。转学进入都内首屈一指的名门学校“私立旗谷学园”的他，因为看得到“旗标”的缘故，一直跟他人保持距离……然而身边不知为何却美少女成群，热闹非凡！她（含性别疑似“她”者）们五人听说男生宿舍只有他一个人，竟然提议要和他一起住！他看到的“旗标”究竟意味着什么？另一方面，一男五美少女住在同一个屋檐下的团体生活又会有什么发展？
最强的魔王雷欧尼斯为了将来的决战而将自己的灵魂封印了。然而他在1000年后再度醒来时，不知为何却变成了10岁少年的模样！？被隶属于〈圣剑学院〉的美少女黎榭莉亚所保护的雷欧尼斯，在对这个变得截然不同的世界一头雾水的情况下，入学了〈圣剑学院〉。未知的敌人〈Void〉、〈第07战术都市〉、外观观是武器形态却拥有异能之力的〈圣剑〉。在魔法被遗忘的这个未来世界，最强魔王与美少女们交织而成的圣剑与魔剑的学园幻想物语盛大开幕！
