出生在偏远村落的希尔·菲尼克斯为了完成对母亲临终前的承诺，带上家族遗物龙骨水晶踏上了去往失落的国度寻找身世的旅程。来到蛇骨之国的希尔，误入了四大家之一的赤骨家大宅，被蛇骨之国通缉，与赤骨家继承人光子经历一连串的事件后，从敌对成为朋友，揭开了埋藏在赤骨家几十年的秘密，四大家及魔法部进行人体实验制造出“人造天赋者”来解决家族天赋者血统日渐稀薄的问题，从而巩固人类及四大家族在大陆的统治地位。希尔觉醒了自己领悟到魔法的真谛，像曾经的五大“贤者”一般，打破魔法的宿命，彻底消灭了灭世黑龙，同时断绝世界上所有的魔法，还全大陆生灵一个真正和平的世界。
职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。 工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。 与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。
