花园花铃（中原麻衣 配音）拥有着悲惨的身世，在她尚且没有记忆的时候，父母就过世了。之后，叔母收留了无处可去的花铃。花铃虽然个性善良而又温柔，脑袋却有些笨笨的，无论是成绩也好运动也好人际交往也好，她都慢别人一步，因此常常遭到叔母的责骂。花铃唯一的好朋友是她的宠物猫小西，然而有一天，小西也离她而去。 一次偶然中，花铃发现了母亲留下来的一枚戒指，这枚戒指拥有神奇的法力，能够让花铃变身成为魔法少女。之后，花铃又遇见了九条姬香（下屋则子 配音）和九条和音（泽城美雪 配音），他们也拥有着各自的戒指。
职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。 工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。 与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。
