在“TokyoExplosion”的未知灾难背后，有一名暗中活跃的契约者——代号“黑”，被称为黑色死神的男人。制造了与“组织”敌对的事件，黑和他的同伴，身为DOLL的银一起踏上了逃亡之路。他们一边击退组织派来的刺客，一边向南方前进。在漫无尽头孤独的逃亡旅程中，两人可以信赖依靠的，只剩下彼此而已…… 夏日的阳光下，黑和银寻得了片刻的休憩。但是，幸福的时间并未长久，深重冷酷的黑暗已悄悄迫近。本是失去自我的DOLL的银在与黑共处的日子里，渐渐开始表现出自己独立的意志。对银的变化感到困惑焦躁的黑，却并不明白这意味着怎样的事实 对于发生着变化的自己，银也非常苦恼。想和黑在一起，但是这样下去的话……以银为目标的狙击者出现，新的斗争也被点燃。命运的选择再次降临到黑的头上。几乎把两人之间的羁绊撕裂的悲剧的序幕，正悄无声息的开始上演……
恋爱旗标、友情旗标、胜利旗标及死亡旗标──“旗标（flag）”，那是人生歧路上重要的选项。自从某事件後，少年‧旗立飒太能够在他人头上看到“旗标”。转学进入都内首屈一指的名门学校“私立旗谷学园”的他，因为看得到“旗标”的缘故，一直跟他人保持距离……然而身边不知为何却美少女成群，热闹非凡！她（含性别疑似“她”者）们五人听说男生宿舍只有他一个人，竟然提议要和他一起住！他看到的“旗标”究竟意味着什么？另一方面，一男五美少女住在同一个屋檐下的团体生活又会有什么发展？
打造一个所有人都能读到书的世界成为神殿的青衣见习巫女的梅茵，和路兹、多莉以及孤儿院的孩子们一起制作了儿童用的圣典绘本。对书本的热情有增无减的梅茵，赋予了约翰与海蒂"古腾堡"的封号后，向下一个目标"活版印刷"迈进。然而，梅茵的前方却是一片乌云笼罩。察觉到拥有强大魔力与奇异知识的梅茵具有利用价值的贵族、以及对梅茵怀恨在心的贵族，暗中盯上了梅茵。
