故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
建造于这个世界的某一角的超巨大综合动物园「加帕里公园」。 在那里有着动物们会变成人的模样的不可思议的现象……。 不知何时渐渐地被称呼为“朋友”的动物们，就这样在公园里和平地生活着。 某一天，动物朋友的薮猫与狞猫，在森林之中遇到了人类的孩子。 肚皮空空的人的孩子似乎烦恼着什么，于是薮猫们决定一众一起开始旅行、去解决ta的烦恼。 在旅行的途中所遇到的是个性迥异的动物朋友们、公园的秘密与美食！ 以及还有撼动大地程度的大危机！？ 全新的加帕里公园的故事，就此开始！！
