在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。之后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出——。
2021年，人类输掉了与病毒寄生虫“原生动物”的战争，被驱逐到一个狭小的领地，在恐惧和绝望中过着不光彩的生活。
至此，十年后的今天，人类已经能够在能够控制原生动物病毒的女孩的“被诅咒之子”的力量下，找到对抗怪物的最后希望。然而，过去的伤痛让他们之间产生了不可逾越的代沟。看似平静的人类社会正在悄然变质，暗流越来越汹涌。
居住在东京的高中生里见莲太郎是专门研究肠道动物抗原的“警察”之一。他和伙伴兰苑燕竹从事了许多危险的工作，有一天他接到了政府的特别命令。内容实际上是一个高度机密的任务，以避免东京的毁灭...
松丸文彦（保村真 配音）是一个平凡的上班族，在工作上乏善可陈的他在感情上也吃了败仗。被女神放了鸽子，心灰意冷的文彦走在街上，一个红发少女的身影吸引了他的目光。少女名叫恩田赤（酒井香奈子 配音），是以成为奥黛丽赫本的声优为最终目标而努力的配音新人。赤的乐观和坚强鼓舞了文彦的士气，没想到，当晚，赤的家里居然发生了火灾。义不容辞的，文彦的住所成为了无依无靠的赤的庇护所。 成为声优的道路十分艰难，而文彦和赤相处的过程中又充满了诸多的误会。在解开这些误会的过程中，文彦和赤的心灵越靠越近，同时，赤在事业上也一步一个脚印的获得了进步，一切都看似开始向好的方向发展。
