斗罗最终战的二十年前，武魂殿曾阴谋一统整个魂师界，吞并所有宗门，七宝琉璃宗首当其冲，陷入危难，骨斗罗带着宗门少主—五岁的宁荣荣请剑斗罗出山相救，于是剑斗罗尘心带上小荣荣踏上了一条生死逃亡路，然而他们所不知的是，这条路的背后竟是一场将会影响斗罗大陆的巨大阴谋……
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
