一切始于6年前。 88天的“领导抵抗”，各种组织卷入其中，掀起了一场血腥风暴，是横滨社会历史上尸体堆积最多的时期。
与刚头帮的盟友中原中越过这条死胡同的太宰治，怀着一个死去的“朋友”的话，告别了帮派头目森鸥外。 两年后，他在一个新的地方找到了他的“生活”。
在福泽幸吉的构想下成立的武装侦探社迎来了新成员：中岛敦和泉京香，他们过着动荡而平静的日常生活。
然而，一个奇怪的事件发生了，来自世界各地的具有通灵能力的人一个接一个地自杀。 500多名自杀的超能力者，居然被自己的能力杀死。 而事发的地方，也被一层难以理解的“迷雾”所包围。 内政部超自然特务司将这一系列事件命名为“有超能力者连续自杀”。 武装侦探社接到坂口安吾的请求，前去抓捕一名涉嫌参与这一系列事件的男子。
那个男人的名字叫涩泽龙彦。 被称为“收藏家”，具有超能力，充满神秘色彩的人。 涩泽带着一些幽灵潜伏在横滨，与此同时，暗中活跃于各种活动的恶魔费奥多尔的身影也出现在横滨……横滨的街道即将被可怕的噩梦所吞噬。
正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……
