新たな冒険の舞台で新展開を迎える「ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2」! シンオウ地方のチャンピオン・シロナと再会したサトシ達は、シロナと共にイッシュ地方の東側「イーストイッシュ」へ旅立つことに! そこには、カイリューや、リオル、イーブイなどイッシュ地方以外の様々なポケモンたちや、サトシがシンオウ地方で共に冒険をした仲間・ヒカリとポッチャマたちの姿が……! そしてなんと! 幻のポケモン メロエッタがサトシ達の仲間になって大冒険が始まる! さらに、優勝すればイッシュ地方チャンピオン・アデクに挑戦出来るというバトル大会「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」も開幕! サトシたちはもちろん、シロナや四天王・カトレアも参加! その他にもサトシの新ライバル登場や、ボス・サカキによるロケット団史上最大の大作戦が幕を開けるなど、盛りだくさんのシーズン2。これは絶対見逃せない!!
漂浮在日本海的孤岛、鸦濡羽岛。岛的主人赤神伊梨亚将各个领域的天才们邀请至岛上的宅邸做客。但在某天早上，宅邸中发现了一具被斩首的无头尸体。而且，事件并没有就这样简单地结束——
