动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
在德川幕府末期的动荡时期，有一个被人称为“人类斩刀”的士师。 随着新时代的到来，这个人从人民面前消失了，成为了一个被称为“最强者”的传奇人物。时光荏苒——明治11年的东京市中心。 将倒剑放到腰间并发誓不朽的旅行剑客日村剑心遇到了神谷胜心流的大师神谷薰。 剑心在解决了欺骗胜心流的辻砍“冢斋人”的案件后来到薰身边。 他遇到了来自东京都石狮部落的明神弥彦和自称是格斗家的相乐赛之助等朋友，并面对由于他过去的关系而将战斗的克星。 新时代辛勤生活的人们的明治剑客串浪漫在这里开启！
