高二那年春天，雨宫莲转学到东京的“修进学园”。
因某事件而觉醒为“女神异闻录”使用者的雷恩与新认识的人组成了“心魔盗贼”。 幻影盗贼窃取陷入罪恶欲望的成年人的“扭曲欲望”，并让他们改变主意。
与此同时，令人费解的“精神暴走事件”在城市的各个角落接二连三发生……
设定在大都市“东京”，作为一名享受日常生活的高中生，以及作为放学后偷偷活动的“心魔盗贼”——。
强大的反派罗曼的故事即将开始！
舞台位于千叶县石矛市的石矛工业大学及其周边。此外，千叶县普安市的石矛(ねこざね)确实有“石矛”这个地名。
故事(连载)从一开始，做猫的大学生森里萤一给‘我的女神办公室’打错了电话(虽然颖怡以为自己打错了电话，但事实并非如此，是世界树功能运作拯救颖怡的必然)。
当萤发现她拨错了号码时，她慌了。先是电话里传出“我马上就来”，然后镜子里出现了一个叫贝儿丹迪的著名女神。巴德丹迪问萤想要什么，萤说:“希望有你这样的女神能一直陪在我身边。”这个愿望是上天赐予的。此后，萤与贝儿丹迪生活在一起。
现代日本药学研究者药谷完治醒来后，发现自己转世为宫廷药师名家德·梅迪西斯家的儿子法尔玛·德·梅迪西斯。法尔玛对这个世界上充斥着错误的治疗方法和药物调配、无法称之为医疗行为的巫术和魔法的医疗感到绝望。前世培养的现代药学，再加上在异世界得到的特异能力【物质创造&物质消除】，使用只有贵族才能使用的【神术】，对抗所有疾病。然后，为了将真正有效的药物广泛地传递给人们，开设了“异世界药局”……异世界作弊×现代药学！改变异世界医疗的助人幻想，今天开业！
