《男子高中生的日常》以真田北男校为舞台，围绕着主角忠邦（入野自由 配音），以及他的死党秀则（杉田智和 配音）和吉竹（铃村健一 配音）的日常高中生活而展开。忠邦主要担任吐槽的角色，长相中性的他常常被秀则和吉竹联合欺负。登场人物还有同校学生会的元治、唐泽、副会长和会长等人，这是一群基本上没有女朋友的男校学生，在鲜有女生参与的情况下，展开了插科打诨的日常高中生活。 这是一部搞笑向的作品，内容短小，笑点十足。动画以每集一个小故事的节奏，采用“男子高中生与XX”的标题形式，将男子高中生的爆笑日常故事呈现给观众。 本作根据山内泰延的同名漫画《男子高中生的日常》改编而成。
支配著地球上所有法則的是被成為『共存均衡』的巨大力量；『元靈神』是擁有超越人類能力並為了守護這個均衡的存在；擁有相同的外表和共同的命運的三個靈魂的『三位一體』；等待在神秘的另一端的、經歷殘酷而壯烈的戰鬥……
