这是个精灵与人类结为伙伴共生的世界。 故事背景卡托瓦纳帝国，则是与邻国处于战争状态的大国。 少年伊库塔在外人眼中，一向是个爱睡午觉、游手好闲、性喜渔色的家伙，而这样的“懒惰鬼”正因为某些内情，不情不愿的准备参加高等军官甄试。 在当时，没有任何人预料到这样的他，日后竟摇身一变，成为帝国史上首屈一指的名将！ 以身为军人的卓越才能，在战乱四起的世界里努力求生的少年，伊库塔。 本作正是描述他波涛汹涌的至今生涯，一场盛大的奇幻战记即将在此揭幕！
“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑。” 平安末期。眼看平家一族将在权力、武力、财力等各方面极尽荣华。拥有看见亡者之眼的男人·平重盛，遇见了拥有看见未来之眼的少女·琵琶。少女预言道：“你们不久便要灭亡。” 由贵族社会转为武家社会——日本实现历史性变化的、动荡的15年拉开了序幕。
主人公·秋山奏隶属于学校的天文学会，而天文学会当中有着许多个性丰富的成员。他们在一起解决发生在内滨学园的各种怪异事件。而他之所以加入天文学会，也有着一段不为人知的故事：某天因为受伤的关系，他放学后不得不继续留在学校的保健室当中，这时他却听到教学楼方向传来奇怪的声音。而当他急忙赶到现场后，居然发现一名全裸的少女倒在地上！这个名叫古川唯的少女虽然没有明确表露身份，但似乎早就认识秋山奏的样子。第二天秋山奏就加入了天文学会，然后受到学生会的委托，开始与天文学会的成员一起调查学校周围发生的“校内幽灵事件”、“睡眠病”、“事故频发地区”等灵异事件……
花园花铃（中原麻衣 配音）拥有着悲惨的身世，在她尚且没有记忆的时候，父母就过世了。之后，叔母收留了无处可去的花铃。花铃虽然个性善良而又温柔，脑袋却有些笨笨的，无论是成绩也好运动也好人际交往也好，她都慢别人一步，因此常常遭到叔母的责骂。花铃唯一的好朋友是她的宠物猫小西，然而有一天，小西也离她而去。 一次偶然中，花铃发现了母亲留下来的一枚戒指，这枚戒指拥有神奇的法力，能够让花铃变身成为魔法少女。之后，花铃又遇见了九条姬香（下屋则子 配音）和九条和音（泽城美雪 配音），他们也拥有着各自的戒指。
