新たな冒険の舞台で新展開を迎える「ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2」! シンオウ地方のチャンピオン・シロナと再会したサトシ達は、シロナと共にイッシュ地方の東側「イーストイッシュ」へ旅立つことに! そこには、カイリューや、リオル、イーブイなどイッシュ地方以外の様々なポケモンたちや、サトシがシンオウ地方で共に冒険をした仲間・ヒカリとポッチャマたちの姿が……! そしてなんと! 幻のポケモン メロエッタがサトシ達の仲間になって大冒険が始まる! さらに、優勝すればイッシュ地方チャンピオン・アデクに挑戦出来るというバトル大会「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」も開幕! サトシたちはもちろん、シロナや四天王・カトレアも参加! その他にもサトシの新ライバル登場や、ボス・サカキによるロケット団史上最大の大作戦が幕を開けるなど、盛りだくさんのシーズン2。これは絶対見逃せない!!
故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
