在世界局势相对稳定的20世纪，各主要国家都想加强军事力量，称霸世界。而耳语者【whisperd】，一个特殊的人类，从出生起就有特殊的能力，不用学习就能知道超越当时科技几十年的被称为黑科技的高科技手段。为了保护世界格局的稳定，神秘组织秘银[ Myslil]派出上士项梁等三人保护一个已知的耳语者[Whisper]，即千鸟香奈。其中上士向亮假扮转校生随时跟随保护。因为长期在部队生活，没有普通高中生常识的上士向亮在学校闹出不少笑话。上学期间发生了很多恐怖的事情，比如苏联制造的劫持金奈事件。宗和千鸟也因为各种事件产生了特殊的感情。
故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪（水濑祈 配音）天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃（小泽亚李 配音）踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里（市道真央 配音）温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪（高桥李依 配音）外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。 空无一人的校园，破败不堪的教室，四处游走的行尸，究竟哪一个是幻想，哪一个是真实？巨大的灾难面前，少女们将恐惧化作力量，尽各自的所能，目的只有一个，那就是活得更久，更快乐。
本作将讲述与“结”有关的都市传说。
