故事发生在一个与世隔绝的村庄——外场村。多年以来，村庄一直维持着最为古老的殡葬方式——土葬。这为一种名叫“尸鬼”的怪物的生成提供了得天独厚的良好环境。尸鬼，僵尸的一种，它们身强体壮但惧怕阳光，靠吸食人类血液为生，同时以将普通的人类变成尸鬼来扩充己方的实力，它们的目的只有一个，那就是彻底占领外场村。奇怪的事情在村子各处隐秘的发生着，谁也没有将它们联系到一起，当恐惧爆发的时候，一切都已经为时已晚。结城夏野（内山昂辉 配音）是第一个发现尸鬼存在的人，而当他被尸鬼攻击后，却变成尸鬼的亚种“人狼”，人狼除了身体素质强于常人外，与人类无异，因此，人狼成为了唯一能够和尸鬼抗衡的存在。 在这个小小的村落中，在恐惧与鲜血的包围下，尸鬼的领袖桐敷沙子（悠木碧 配音）和人狼的领袖结城夏野之间，淳朴的村民和嗜血的魔物之间，即将展开一场惨烈的战争。
1930年代，以欧洲为中心突然出现的人类之敌“涅洛伊”。 能够对抗以通常的兵器难以破坏的涅洛伊的， 只有被称作魔女的、拥有特殊魔法力的少女们而已……。 1944年9月，在以第501统合战斗航空团“Strike Witches”为中心的联合军活跃之下，高卢共和国上空的涅洛伊巢穴消灭，欧洲西部的安全得到了确保。 以此为机，联合军开始正式计划对欧洲中央—东部方面的反抗作战。 在欧拉西亚帝国彼得堡构筑了基地的， 第502统合战斗航空团“Brave Witches”也被下达了出击的命令。 背负人类的希望，充满勇气的魔女们，在东欧的寒空中巡航。
在“TokyoExplosion”的未知灾难背后，有一名暗中活跃的契约者——代号“黑”，被称为黑色死神的男人。制造了与“组织”敌对的事件，黑和他的同伴，身为DOLL的银一起踏上了逃亡之路。他们一边击退组织派来的刺客，一边向南方前进。在漫无尽头孤独的逃亡旅程中，两人可以信赖依靠的，只剩下彼此而已…… 夏日的阳光下，黑和银寻得了片刻的休憩。但是，幸福的时间并未长久，深重冷酷的黑暗已悄悄迫近。本是失去自我的DOLL的银在与黑共处的日子里，渐渐开始表现出自己独立的意志。对银的变化感到困惑焦躁的黑，却并不明白这意味着怎样的事实 对于发生着变化的自己，银也非常苦恼。想和黑在一起，但是这样下去的话……以银为目标的狙击者出现，新的斗争也被点燃。命运的选择再次降临到黑的头上。几乎把两人之间的羁绊撕裂的悲剧的序幕，正悄无声息的开始上演……
