故事发生在异世界中，在这里，被称为“噬神者”的鬼怪潜伏在人群之中，散播着恐惧和危险。在一场浩浩荡荡而又旷日持久的战争之后，人类终于以伤亡惨重为代价将噬神者们封印在了三层结界之后，然而随着时间的流逝，第一层结界碎裂了，这也就意味着，如果坐视不管的话，数百年前的悲剧将要重演。 就在这个危急关头，身形纤弱但拥有着强大力量的少女们出现了。天真乐观的静御前（铃木爱奈 配音）、温柔冷静的义经（松井惠理子 配音）、嗜酒如命的茨木童子（三森铃子 配音）、捉摸不透的辉夜（橘田泉 配音）、可爱娇小的天照（原奈津子 配音），这些少女们要对抗的，是名为“撒旦”的最强噬神者。
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
主人公京乃まどか是一名从心底热爱故乡千叶县鸭川之海的17岁女高中生，同时也是以帮助遇到困难的人为己任的“鸭女jersey部”的唯一社员。直到遇见了从宇宙来的不可思议美少女ラン，忽然向京乃提出了“能不能驾驶机器人”的要求，她的日常生活起了波澜，为了保护鸭川而与宇宙来的敌人战斗！本作的原作是Production IG，不过动画制作则是由XEBEC进行，总监督佐藤竜雄与导演铃木利正。其中的机器设定与日产全面合作，在日产汽车Global Design本部里举行了设计大会，从60个设计案中选出了主角与敌人的机体设计。
