这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚。过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭，但人，神，魔三族共同战斗，作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来。接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半。二千年以后，世界始终和平安宁。 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它。某一天，一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙。世界的均衡渐渐被打破。当巴哈姆特再次发出吼声之时，世界再次落入绝望的深渊。世界啊，毁灭吧！某个声音如此恳求着。
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
国家的丰饶、麾下勇者的数量、以及国王本人如何像勇者一般强大，这些要素的综合排名，便是所谓的“国王排名”。 主人公波吉是国王排名第七名的伯斯王治下王国的第一王子。但是波吉却生来耳不能闻，贫弱到挥不动剑。不止家臣甚至连民众都轻蔑地说「他实在不是当国王的料」。这样的波吉人生中第一位交到的朋友，卡克。 与卡克的邂逅，以及那些微小的勇气中诞生的，波吉人生的巨变将要开始——
