新学年开始，樱丘高中轻音部（轻音乐社）因原有部员全部毕业离校而无法达到部员最低人数（至少4人）。轻音部新成员只有秋山澪和田井中律，这下该如何是好呢？此时，平泽唯在阴差阳错的情况下把“轻音”当作“轻松的音乐”，又因小时候玩响板得到老师表扬，所以萌发申请入部的想法。另一方面，温柔可爱的千金大小姐琴吹䌷被田井中律强拉入社，于是，便有了贝司手秋山澪、吉他手平泽唯、鼓手田井中律及键盘手琴吹䌷。
乌森之地有着不可思议吸引妖怪的力量，凡是接近那儿的妖怪，都会得到强大的力量而急剧进化、变强。年幼时，因为良守同情一只妖怪，而使它产生变化，就在千钧一发之际，时音救了他，却也因此受了严重的伤。良守非常自责，下定决心要变的更强，保护时音.然而结界师所要面临的危险远不是他想的那么简单..
主人公·秋山奏隶属于学校的天文学会，而天文学会当中有着许多个性丰富的成员。他们在一起解决发生在内滨学园的各种怪异事件。而他之所以加入天文学会，也有着一段不为人知的故事：某天因为受伤的关系，他放学后不得不继续留在学校的保健室当中，这时他却听到教学楼方向传来奇怪的声音。而当他急忙赶到现场后，居然发现一名全裸的少女倒在地上！这个名叫古川唯的少女虽然没有明确表露身份，但似乎早就认识秋山奏的样子。第二天秋山奏就加入了天文学会，然后受到学生会的委托，开始与天文学会的成员一起调查学校周围发生的“校内幽灵事件”、“睡眠病”、“事故频发地区”等灵异事件……
