在20世纪50年代初，突然出现的未知生命形式“甲骨文细胞”开始“捕获”地球上的一切对象。它的存在，它吞噬了一切，并取得了各种差异，作为一个凶猛的生命形式，不知不觉中，人们惊恐地称它为“阿拉加米”。现有的武器在阿拉加米之前没有任何效果，城市文明崩溃，人类逐渐被剥夺了栖息地。这种人类的光明是存在的。一种嵌入甲骨文细胞的生物武器“神机”被开发出来，并组织了特种部队，俗称“神食者”来操纵它。在一个被粗糙的神压迫的世界里，“上帝之物”的明天无战的幕布拉开。
即将升上初中二年级的朝日奈未来，在春假的某天晚上，看到一神秘物体从天落入附近的公园里。“难道是魔法使？”，兴奋的未来第二天一早就和自小就喜爱着的绒毛玩具熊“毛芙伦”一起向公园前进。结果在那里看到的是……骑着扫帚漂浮在空中的女孩……自称是理子的那个女孩子，竟然是魔法使。 未来对魔法使非常感兴趣，对理子问东问西的。理子好像是为寻找“某物”而来到未来居住的世界。此外，仔细一看，她们两人带着同样的吊坠…。 就在此时，暗之魔法使•多库罗克希的部下巴提在两人面前出现。他逼迫理子交出“波纹翡翠”（リンクルストーン・エメラルド，Wrinkle Stone Emerald），但是理子好像也在寻找“波纹翡翠”…… 当被巴提的黑暗魔法所诞生的怪物欲望怪逼入绝境时……未来和理子、还有毛芙伦手牵着手，不断地喊出魔法的咒文“Cure Up・Rapapa! ”，吊坠突然发出了光辉。 于是，传说的魔法使“光之美少女”就此诞生。
