职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。 工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。 与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。
拥有卓越按摩技术的主人公·小手指向阳。立志成为运动医生的小手指，为了获得医学部特待生资格，从今年春天开始就读于体育强校·星和大附属高中。由于家境贫寒，小手指为了赚取学费，决定住在宿舍并工作。然而，在那里他遇到的是一群个性十足的 JK 运动员。小手指的工作是管理宿舍和照顾她们的身心健康。社团活动 JK×按摩！H 又激烈的宿舍生活就此拉开帷！
