2021年，人类输掉了与病毒寄生虫“原生动物”的战争，被驱逐到一个狭小的领地，在恐惧和绝望中过着不光彩的生活。
至此，十年后的今天，人类已经能够在能够控制原生动物病毒的女孩的“被诅咒之子”的力量下，找到对抗怪物的最后希望。然而，过去的伤痛让他们之间产生了不可逾越的代沟。看似平静的人类社会正在悄然变质，暗流越来越汹涌。
居住在东京的高中生里见莲太郎是专门研究肠道动物抗原的“警察”之一。他和伙伴兰苑燕竹从事了许多危险的工作，有一天他接到了政府的特别命令。内容实际上是一个高度机密的任务，以避免东京的毁灭...
光子力研究所は都心（練馬区大泉学園光子力町）にあり、地下帝国（群馬あたり）のあしゅら男爵は“世界征服”のために機械獣少女を派遣し、研究所自体や町内に迷惑をかけに来る。光子力研究所にはZちゃん（マジンガーZ娘）、グレちゃん（グレートマジンガー娘）、グレンダさん（グレンダイザー娘）の3人が暮らしており、皆、普段から鋼鉄の魂スーツをまとっている。一応は普通の人間、夢見る少女であるらしい。（が、腕を飛ばしたりするので定かではない）かたや機械獣少女たちも怪しげな着ぐるみをまとってはいるが、とりあえず普通の少女たちであるらしい。（が、首を飛ばされても死なない奴もいるのでやはり定かではない）地下帝国の野望は“世界征服”だが、食い逃げをしたりレジャースポットを占拠したり、その行動はいつも「小さな迷惑」の域を出ない。
