入冷宫，失爱女，废后位。她是他的皇后，却是他最欲除去的人。冷心废后，复仇暴君，他是她的宿怨，她是他的屈辱。破茧重生，弃情绝爱，她载恨华丽归来。几番对决，她笑言，只差一步，可惜，你爱上了我。多番较量，他怒称，修罗地狱，也要你相伴左右！
这是“闪光”与“黑衣剑士”在被如此称呼之前的故事——某一天，偶然戴上"NERvGear"的结城明日奈，原本是与网络游戏无缘的初中三年级少女。游戏管理员告知。“这虽然是游戏，但可不是闹着玩的。”在游戏中的死亡，与现实中的死亡直接相关。听到这一消息的所有玩家都很混乱，游戏内到处都是凄惨的叫声。其中之一的亚丝娜，在不了解世界的规则的情况下，踏上了看不到顶的钢铁浮游城“艾恩葛朗特”的攻略之路。在和死亡作伴的世界里生存下去的过程中，亚丝娜遇见了命运般的“邂逅”。以及，“离别”——虽然被“眼前的现实”玩弄，但在拼命战斗的她面前出现的，是孤傲的剑士——桐人。
2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地…… 本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。
小林一家将迎来前所未有的挑战，异世界两大阵营战火一触即发，康娜父亲奇姆恩卡姆依决定带康娜归返异世界。“再见了，小林……”康娜将如何选择？
