所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
因眼神凌厉而被同学们视为坏男孩的高须龙二进入高中二年级，有幸与暗恋的女孩栉田实里同班， 她对新的校园生活充满希望。
开幕式结束后，龙儿遇到了学校里最可怕的“掌中之虎”相坂大河，周围的人都陷入了恐慌的状态。 然而，他却意外地发现，相坂也是实里最好的朋友。
两人见面的当晚，龙二发现自己暗恋着自己的好友北村佑作，而她暗恋的美乃里也被大河知道了！ 了解对方情况的两人组成了“爱情联盟战线”，开始了半普通的生活……
堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
咖啡馆·黑猫亭。那是在皇都五区的角落里，孤零零的一家咖啡店。在那里工作的是集结了技术精华的自律式机械人偶少女们。几年前刚刚结束的大战争。在那里作为武器制作的她们。不久迎来了战后的和平。和新品一样被修复，穿着闪闪发光的和服寻找新的任务，高声歌唱。你也和她们一起度过美好的时光吧！
