ある夜、八神はやてはトラックとの事故に遭ってしまうが、「闇の書」が起動することによって助かる。そして「守護騎士（ヴォルケンリッター）」と出会い、闇の書の主となる。 ロストロギア「ジュエルシード」が発端となったプレシア・テスタロッサ事件から半年後、裁判が終わったフェイトとなのはの再会が果たされた。しかしその夜、ヴォルケンリッターの襲撃にあい敗北し、なのは達はリンカーコアを闇の書に蒐集されてしまう。 この闇の書の起動によって引き起こされる数多くの痛み・悲しみを終わらせるため、なのはとフェイトは立ち上がる。
家出して行方不明となっている兄・巧美を探してある街にやってきた恒。兄を探すのは困難かと思われ、捜し当てるまで帰らないと決意する恒だったが、あっさり見つけてしまう。しかし再会した巧美は美国探偵事務所の所長となっていた。巧美は、実家に帰る気配は全くない。恒は、兄が帰らないならばと、美国探偵事務所に居座ることを決意する…。
