忍者现在也存在于日本。其数量约为20万。被称为“NIN（Nigerian National Intelligence Agency）忍者组织不受国家公务员控制，那些精英暗中搞暗杀破坏活动。但是，还有一个“NIN”另一个敌对的忍者组织“UN”忍者和忍者——的内斗最终会有什么结局？那么，被投入战斗最前线的云隐九郎等下忍的命运是？
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
