正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……
这是一个学习成绩决定了一切的世界，在这个世界里，在测验里拿到高分的人能够顺理成章的过上无忧无虑的幸福生活，而等待着那些落榜者的，就只是悲惨的惩罚。如此严苛的纪律使得人们自动分为了两派——注重实力，以真材实料取胜的L型，以及依靠着旁门左道的作弊技巧取胜的C型。 当然，单纯的L型或是C型都无法在日渐激烈的考试竞争中挣得上游，唯有两种类型的人组成搭档，才有可能获得最终的胜利。我们的主人公诸葛睦明（山口智大 配音）就是一个典型的C型选手，一日，他偶遇了非常优秀的L型选手黄巧衣（钉宫理惠 配音），一番波折之后，两人决定组成搭档。
