在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
加奈（丰崎爱生 配音）打小父母双亡，如今，就连一直以来相依为命的祖母都离她而去，面对这个陌生和凶险的社会，小小的加奈该何去何从？在误打误撞之中，无家可归的加奈住进一家名为“风新”的报纸销售点，在那里，她将以打工的方式来支付她的房租。 在报社中，加奈遇见了许多善良开朗的朋友们，年纪小本领大的小学生代理社长天野咲妃（水原薰 配音）让加奈很是崇拜。再加上活泼淘气的同行北冈梦（广桥凉 配音）和外表御姐内心却有些天然呆的南有纪（远藤绫 配音），以及竞争对手“华日新闻专卖所”的送报娘久地院美华（钉宫理惠 配音），加奈的生活一下子就变得精彩起来。
2036年日本东京因核电厂发生爆炸，全市受到严重的核辐射污染而遭到封锁，于此同时只有三名经过基因改造的女高中生成立了一支代号为「柯佩莉昂娃娃」的救援队伍，他们的体内天生具有辐射抗体，仅仅三人，她们以自己的眼睛去搜寻着生还者，这座曾经是繁荣首都的城市如今变成了死城，在救援过程中她们面临着危险的断垣残壁以及恐怖的变种生物，她们究竟如何突出重围呢？
