在德川幕府末期的动荡时期，有一个被人称为“人类斩刀”的士师。 随着新时代的到来，这个人从人民面前消失了，成为了一个被称为“最强者”的传奇人物。时光荏苒——明治11年的东京市中心。 将倒剑放到腰间并发誓不朽的旅行剑客日村剑心遇到了神谷胜心流的大师神谷薰。 剑心在解决了欺骗胜心流的辻砍“冢斋人”的案件后来到薰身边。 他遇到了来自东京都石狮部落的明神弥彦和自称是格斗家的相乐赛之助等朋友，并面对由于他过去的关系而将战斗的克星。 新时代辛勤生活的人们的明治剑客串浪漫在这里开启！
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，在这里，魔仙们运用她们所学习到的魔法知识来帮助遇到困难的人们。然而，在这里还是存在着一部分邪恶的魔仙们，她们利用黑魔法来获取利益，破坏世界和平。黑魔仙小月从魔仙小蓝那里偷得了魔仙彩石，这是魔仙们力量的源泉，拥有了魔仙彩石，便可以学习仙界的最高魔法。 带着魔仙彩石，小月躲藏于人类世界之中，为了不让魔仙彩石的力量危害人间，小蓝紧随其后。人类少女凌美琪和凌美雪意外的发现了躲藏在八音盒中的小蓝，三人之间结下了深厚的友谊。小蓝教会了美琪和美雪魔法，两人亦加入了寻找魔仙彩石的队伍中。
