第二次新吉翁战争结束12年后U.C.105年，由于地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强迫平民前往宇宙的同时，也开始实施不人道的政策“人类狩猎”在这种形势下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：马夫蒂·纳比尤·艾林”他的真实身份是联邦军中久负盛名的一年战争的英雄，联邦上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的指导下，发动了一系列的恐怖活动，如暗杀反地球 美国联邦官员。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔的思想，一个不断为自己内心的意志和道路而奋斗的士兵，却和联盟上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇，这也是一次改变他们命运的相遇。
斗罗最终战的二十年前，武魂殿曾阴谋一统整个魂师界，吞并所有宗门，七宝琉璃宗首当其冲，陷入危难，骨斗罗带着宗门少主—五岁的宁荣荣请剑斗罗出山相救，于是剑斗罗尘心带上小荣荣踏上了一条生死逃亡路，然而他们所不知的是，这条路的背后竟是一场将会影响斗罗大陆的巨大阴谋……
