故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
沈剑心为了解救清水岛村民，返回中原寻找解药。江湖外早已失去平静，偏安一隅的五圣教屡遭加害，破败的枫华谷村庄莫名异动，身处其中的沈剑心又会面临怎样的危机……
作品的故事舞台为近未来，动画作品《机动战士高达》的塑料模型，通称“钢普拉（高达模型）”在1980年代引起热潮后数十年的世界。在该时卷起了一股“第二次高达模型热潮”的新浪潮。而带动这个热潮的便是名为“高达模型对战”的娱乐。因为发现了新元素帕拉夫斯基粒子进而开发的技术让“高达模型对战”的出现，每年也都会举办高达模型对战的世界大赛。主角伊织诚是个喜爱高达模型，并梦想着有一天能参加弹模型对战世界大赛的高达模型玩家。 身为模型店的独生子，拥有制作高达模型的高超技巧，然而却不擅长对战的操作，总是在高达模型对战中的第一场就败下阵来。这样的他，遇见了一位战斗时可以将高达模型操控得出神入化的神秘少年岭司，于是两人组成搭档向世界大赛展开挑战。
