所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
由于童年的经历，天野莓（悠木碧 配音）对糕点有着深深的喜爱和眷恋，成为一名出色的糕点师就是她的全部梦想。可是，随着年岁的增长，小莓发现，自己笨拙的身手无法胜任制作糕点这样精细的活计。在一次蛋糕展示会上，名叫安利（岸尾大辅 配音）的师傅却告诉小莓，她有着极高的烹饪天赋，但尚需发掘。安利推荐小莓进入圣玛丽学院进行修炼，在家人的鼓励和自己的反复思量之下，小莓终于下定了就读的决心。 在学院里，小莓认识了外表冷漠内心天真的“甜点王子”樫野真（冈本信彦 配音），成熟稳重的糕点店继承人安堂千乃介（浜添伸也 配音）和对小莓十分友善亲切的花房五月（代永翼 配音）。在他们的帮助下，小莓不断的提升着自己制作糕点的手艺，并和同学们结下了深厚的友谊。
霊媒体質の幻燈河螢多朗（げんとうが けいたろう）は、かつて霊障を受け、友人を巻き込んで以来引きこもりに。社会復帰すべく家庭教師を始めたところに、不思議な瞳を持つ少女・寶月夜宵（ほうづき やよい）と出会う。母親を悪霊に連れ去られた夜宵は、手がかりを求め心霊スポットを巡っていた。強い霊媒体質の夜宵だが霊に避けられており、そのため螢多朗の引き寄せ体質を必要としていた。一方、螢多朗は自分と大切な人の呪いを解くため、霊媒体質に対処できる力をつけることを決意し、二人は協力関係を結ぶことに。最高にクレイジーな新感覚オカルトホラーがここに開幕！
