在遥远的未来，银河的尽头。人类正与异形的怪生命体展开生存之战。在激战中，少年兵莱德与其乘坐的人型机动兵器Chamber 一起被吞入了不明的时空。在进入人工冬眠的状态后逐渐苏醒的莱德，来到了被遗忘的边境行星——地球。 被海洋包围的地球此时以及是一片汪洋，地球上的人类们靠乘坐巨大的船只移动，同时不断打捞着旧文明留在海底的物品生存。被船队搭救的莱德登上了其中一艘大船Gargantia，而由于语言、文化、习惯等的不同，莱德对未知的环境感到非常困惑。但无可避免的他必须去学会如何与Gargantia上的人们共同生活，其中还包括少女艾米。于是。不同于战斗的，充满惊喜的翠星生活开始了！
从去世的祖父身上继承了不可思议力量的律，某次梦见了童年的往事。在梦中，为了躲避妖魔的觊觎，年幼的律被迫打扮成女孩子的模样，却仍差点遭到一名少女幽灵的袭击。就在不久后的某一天，律亲眼目睹那名幽灵混在母亲茶道教室的学生群中，潜入了家中。正当律试图查明对方的真面目时，却在名为「遮眼鬼」的游戏中，被夺走了左眼！？
