花坂结衣（市道真央 配音）是一名十七岁的女子高中生，为了应对即将到来的升学考试，她从家乡搬到了东京，来投奔在这里生活的姐姐。虽然结衣平日看起来有些呆呆的，但实际上却是一个非常乐观和努力的姑娘。桃原奈月（村川梨衣 配音）虽然看上去娇小可爱，却意外的擅长料理家事，每一天都为了哥哥的生活忙东忙西。 青岛萌香（三森铃子 配音）一直以来都希望能够成为一名歌手，但真正走上这条道路后她才发现，前往充满了曲折和困难。虽然表面上非常的好胜要强，但萌香实际上却有着非常温柔的一面。和这三个可爱的女孩子一起，夏天开始了。
总人口230万人，扩展至东京西部的巨大城市。在这座因学生占其人口约八成，而被称为「学园都市」的城市中，扭曲世界法则引发超常现象的力量——超能力的开发正在进行。 接受特殊课程〈Curriculum〉，获得了能力的学生们，通过定期的『身体检查〈System Scan〉』，得到从『无能力者〈Level0〉』到『超能力者〈Level5〉』的6个阶段的评价。 站在其顶点的，是被誉为最强的7人的『超能力者』。 其中的一人，御坂美琴。 作为自由操纵电气的最高位的能力者『电击使〈Electro Master〉』，有着『超电磁炮〈Railgun〉』的别名的她，是名门大小姐学校·常盘台中学的14岁女高中生。后辈『风纪委员〈Judgement〉』白井黒子，憧憬着大小姐的同学初春饰利，以及喜欢都市传说的朋友佐天泪子。 在与这些伙伴们一起度过和平、普通、又稍稍有些变化的学园都市日常生活时，一年一度的大事件正在迫近。 『大霸星祭』。在7天的举办时间中，能力者们以学校为单位展开激战的巨大体育祭。在这期间，学园都市的一部分向公众开放，面对向全世界转播的热闹活动，每个人都很激动。而谁都没有注意到，有什么在这华丽的舞台背后蠢蠢欲动——。
