故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
作为网络吉他手“吉他英雄”而广受好评的后藤一里，在现实中却是个什么都不会的沟通障碍者。一里有着组建乐队的梦想，但因为不敢向人主动搭话而一直没有成功，直到一天在公园中被伊地知虹夏发现并邀请进入缺少吉他手的“结束乐队”。可是，完全没有和他人合作经历的一里，在人前完全发挥不出原本的实力。为了努力克服沟通障碍，一里与“结束乐队”的成员们一同开始努力……
