大雄在学校的后山捡到一株被人抛弃的树苗，通过哆啦A梦的植物自由化生长叶，树苗一夜之间变成了蹦蹦跳跳的小家伙，大雄为其取名木木。木木聪明伶俐，热爱学习，不仅得到了野比家所有人的喜爱，也成为胖虎、小夫、静香他们的好朋友。某天，小伙伴们去后山玩耍，结果被吸入到外星飞船之中。由于人类对地球生态环境的破坏日趋严重，一群具有高智慧的植物宇宙人决定将地球上的植物劫持，以挽救它们濒临灭绝的命运。然而，失去植物，地球上的氧气将会减少，人类乃至所有动物都将灭亡。大雄他们能否阻止宇宙人的计划？ 本片根据日本漫画家藤子不二雄的原作改编。
一边在自家的餐馆“幸平”帮忙，一边磨炼料理水平的幸平创真，进入了超级精英料理学校“远月茶寮料理学园”。创真在学园内外与各种各样的料理人相遇并不断成长，但随着薙切蓟就任远月学园的新领袖，状况发生了转变。在新创设的中枢美食机关影响下，无法再自由地制作料理……创真等人反对中枢美食机关的做法，结果却被视作学园的背叛者。 ——之后，他们迎来了二年级升级考试。即使遭人白眼，众人仍然齐心协力突破考试，但中枢美食机关的妨碍并未停止。同伴们终于遭到退学处分的打击！被逼入绝境的创真等人为了打破这一状况，决定与蓟政权下的新远月十杰展开连队食戟。初战取得了压倒性胜利，但决定他们命运的激战才刚刚开始。终于迎来2nd BOUT！究竟创真等人能否夺取十杰之座，拯救同伴呢？
东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。 这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
