这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚。过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭，但人，神，魔三族共同战斗，作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来。接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半。二千年以后，世界始终和平安宁。 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它。某一天，一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙。世界的均衡渐渐被打破。当巴哈姆特再次发出吼声之时，世界再次落入绝望的深渊。世界啊，毁灭吧！某个声音如此恳求着。
カントー帰還！待望の新章がスタート！！ イッシュ地方からカントー地方へ戻るサトシたちが、デコロラ諸島で大冒険！ スピアーに追いかけられて、巨大クイタランに追いかけられて… えぇっ！？ミジュマルとお別れ！？ さらに！みんなオーベムになっちゃった！？さらにさらに！幻のポケモンにも遭遇！？ まさか！？アイリスとサトシが絶交！？それをニヤリと見つめるロケット団…！ 笑い！涙！お宝あり！？様々な島を巡る船旅に、いざ出発！！
神王之子秦书身为神子，却天生凡体凡命，受尽天道界众人部夷厌弃甚至要被夺去神子身份，贬入凡间。直到他与主角相遇融为一体，开启万界签到系统，于混沌天绝云峰开启永动丹田。随后从神道界最底层走起，与修罗战、与鬼神斗、与武帝争，靠一己之力，斩尽神佛，独闯九九八十一重天顶，满天诸神都不能挡其路，以一介凡体走上神道之巅。最后从众多神子的生死决斗之中脱颖而出，独战九大帝子，破混元天尊夺取神道界的惊天密谋，成就新一代大帝。
