影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事完全由宫崎骏原创。讲述二战后丧母的少年牧真人与一只会说话的蓝鹭相遇，展开不可思议的冒险旅程。
国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。一天，时空之神宙斯把未来日记植入他的手机中，这日记记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。但这个“日记”一旦被破坏，持有者的未来将会同时消失，也就是持有者会立刻消失。宙斯已选定十二位未来日记持有者，而最后生存的人将会成为宙斯的继承者，掌握支配时空的“神之座”。他跟同样拥有未来日记的其余11人，展开你死我活斗争的杀人游戏。
这一切都始于 17 个“起源女巫”。 那些继承了所有权力的人今天仍然存在于世界各地。 那里出现的是一个抬着棺材的男人和一个长着野兽眼睛的女孩。 这个女孩有一个被女巫诅咒的过去，正在寻找一个女巫来打破诅咒。 出现在两人面前的女巫，就是他们追捕的猎物吗？ 以及如何打破女巫的诅咒？ 这是一部追捕邪恶女巫的复仇剧。 当“野兽”俘虏“女巫”时，故事开始大刀阔斧。 一场灿烂而激烈的黑暗幻想在这里拉开帷幕！
