被誉为世界最强魔法师的「贤者」盖亚斯，感受到自己与生俱来的纹章的性能已经到达了极限。他为了变更纹章而采取的方法，则是通过转生来获得新的躯体！他转生到了遥远的未来世界，得到了渴求已久的「最适合魔法战斗的纹章」，以及马蒂亚斯这个名字。然而在这个时代，这个纹章却不知为何被称为「失格纹」……！时过境迁，当今世界魔法衰退，充斥着低水准的魔法理论。兼具魔法战斗最强的「失格纹」与贤者智慧的少年马蒂亚斯，将不断打破这个世界的常识！
故事发生在大正25年。帝都东京。 正当华族出生的久世鸫为守护没落家族决意联姻时，弟弟久世鹟却被卷入被称作“稀有之物”、会对读者产生巨大影响的书所引起的事件之中。 鸫以此为契机，能够看见被称为“灵韵”的、稀有之物所散发出的寄居者的情感，此时，“帝国图书情报资产管理局”（通称“鸱鸺”）的人出现在困惑的鸫面前。他们是保护·管理“稀有之物”的组织，并委托鸫协助调查“稀有之物”。鸫虽然犹豫，却还是决定参与“鸱鸺”，展开对“稀有之物”的调查活动—— 这是一部讲述一位命运如天秤般摇摆不定的少女的故事。
光子力研究所は都心（練馬区大泉学園光子力町）にあり、地下帝国（群馬あたり）のあしゅら男爵は“世界征服”のために機械獣少女を派遣し、研究所自体や町内に迷惑をかけに来る。光子力研究所にはZちゃん（マジンガーZ娘）、グレちゃん（グレートマジンガー娘）、グレンダさん（グレンダイザー娘）の3人が暮らしており、皆、普段から鋼鉄の魂スーツをまとっている。一応は普通の人間、夢見る少女であるらしい。（が、腕を飛ばしたりするので定かではない）かたや機械獣少女たちも怪しげな着ぐるみをまとってはいるが、とりあえず普通の少女たちであるらしい。（が、首を飛ばされても死なない奴もいるのでやはり定かではない）地下帝国の野望は“世界征服”だが、食い逃げをしたりレジャースポットを占拠したり、その行動はいつも「小さな迷惑」の域を出ない。
