15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
郊区的一个小镇。这是一个非常普通的村庄，随处可见.事实并非如此。居民们发生了巨大的变化。然而，即使在这样的情况下，千仓静也有一种强烈的感觉。我想再次见到我失踪的朋友！静鹤和他的朋友乘坐废弃的火车去了外面的世界我不知道他们是否能活着回来。末日列车的终点是什么？
