在遥远的未来，银河的尽头。人类正与异形的怪生命体展开生存之战。在激战中，少年兵莱德与其乘坐的人型机动兵器Chamber 一起被吞入了不明的时空。在进入人工冬眠的状态后逐渐苏醒的莱德，来到了被遗忘的边境行星——地球。 被海洋包围的地球此时以及是一片汪洋，地球上的人类们靠乘坐巨大的船只移动，同时不断打捞着旧文明留在海底的物品生存。被船队搭救的莱德登上了其中一艘大船Gargantia，而由于语言、文化、习惯等的不同，莱德对未知的环境感到非常困惑。但无可避免的他必须去学会如何与Gargantia上的人们共同生活，其中还包括少女艾米。于是。不同于战斗的，充满惊喜的翠星生活开始了！
乌森之地有着不可思议吸引妖怪的力量，凡是接近那儿的妖怪，都会得到强大的力量而急剧进化、变强。年幼时，因为良守同情一只妖怪，而使它产生变化，就在千钧一发之际，时音救了他，却也因此受了严重的伤。良守非常自责，下定决心要变的更强，保护时音.然而结界师所要面临的危险远不是他想的那么简单..
