故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
刚进入暑假，中学1年级的未来，陪着弟弟悠贵去参观机器人展。横眉冷对兴奋的弟弟，反抗期的未来很无聊地按着手机。“毎天每天都是烦人的事情…。这种世界干脆坏掉最好。”这样想的瞬间，地面突然开始猛烈震动。袭击东京的是高达8.0级的海沟型大地震。 崩溃的海滨大桥桥，倒塌的东京铁塔。在瞬间一切都变了的东京。未来牵着悠贵的手，借助摩托车快递员真理的力量朝世田谷的自家奔去。到底三人能否顺利回家呢？
出生在偏远村落的希尔·菲尼克斯为了完成对母亲临终前的承诺，带上家族遗物龙骨水晶踏上了去往失落的国度寻找身世的旅程。来到蛇骨之国的希尔，误入了四大家之一的赤骨家大宅，被蛇骨之国通缉，与赤骨家继承人光子经历一连串的事件后，从敌对成为朋友，揭开了埋藏在赤骨家几十年的秘密，四大家及魔法部进行人体实验制造出“人造天赋者”来解决家族天赋者血统日渐稀薄的问题，从而巩固人类及四大家族在大陆的统治地位。希尔觉醒了自己领悟到魔法的真谛，像曾经的五大“贤者”一般，打破魔法的宿命，彻底消灭了灭世黑龙，同时断绝世界上所有的魔法，还全大陆生灵一个真正和平的世界。
