新学年开始，樱丘高中轻音部（轻音乐社）因原有部员全部毕业离校而无法达到部员最低人数（至少4人）。轻音部新成员只有秋山澪和田井中律，这下该如何是好呢？此时，平泽唯在阴差阳错的情况下把“轻音”当作“轻松的音乐”，又因小时候玩响板得到老师表扬，所以萌发申请入部的想法。另一方面，温柔可爱的千金大小姐琴吹䌷被田井中律强拉入社，于是，便有了贝司手秋山澪、吉他手平泽唯、鼓手田井中律及键盘手琴吹䌷。
欺骗，隐瞒，自相残杀。获得了魔法力量的女生残酷无情的生存游戏！极度流行的社交游戏《魔法少女育成计划》是一款可以创造出真正的魔法少女的奇迹游戏。几个年轻女孩有幸得到了魔力，过上了充实的一天。然而有一天，运营商单方面宣布“将过多的魔法少女数量减半”。接到这个通知后，十六个魔法少女的无情生存大赛就此开启。
